Id-Diviżjoni għall-Fondi u Programmi (FPD) twaqqfet f ’Lulju 2011 bħala parti minn struttura amministrattiva meħtieġa biex tieħu ħsieb il-ġestjoni tal-Fondi tal-UE u Fondi oħra allokati għal Malta, u biex tipprovdi gwida u appoġġ għall-punti fokali tal-UE u programmi oħra li huma ġestiti direttament mill-Kummissjoni Ewropea jew istituzzjonijiet oħra tal-UE. Id-Diviżjoni għall-Fondi u Programmi hija magħmula minn żewġ Direttorati li huma d-Direttorat għas-Sajd, id-dar u l-Fondi diretti, u d-Direttorat għall-Fondi agrikoli. Twaqqaf ukoll Unit ta’ Fondi diretti fi ħdan l-FPD bil-għan li tiżdied il-parteċipazzjoni ta ’fondi ta’ ġestjoni diretta f ’Malta.